特定技能の在留期間更新｜10月改定の手数料と、更新が通らなくなる要因

特定技能の外国人材を受け入れてしばらくすると、人事・総務が対応することになるのが在留期間の更新です。
初回の申請は紹介会社や行政書士と進めても、更新を本人任せにした結果、満了日が迫ってから慌てるケースがあります。

制度や手数料も変わっているため、以前の手順をそのまま使わず、最新の情報を確認することが大切です。

特定技能1号の在留期間は、法務大臣が個々に指定し、上限は3年です。
在留期間が6か月以上ある場合、更新申請は満了日の3か月前から受け付けられます。
2026年10月1日以降に受け付けた申請では、窓口申請の手数料は許可期間が1年なら33,000円、3年なら64,000円です。
オンライン申請では金額や納付方法が異なります。

提出書類は、出入国在留管理庁の最新の一覧表で確認しましょう。
更新申請では所属機関に関する第2表は不要ですが、第1表・第3表に基づく必要書類の確認は欠かせません。
また、受入れ企業の納税状況や届出、支援の実施状況なども審査に関係します。
この記事では、満了日の4か月前から人事・総務が確認しておきたい事項を整理します。

この記事を執筆するG-Star HR Linkは、浜松でネパール人材の紹介・受入れ支援を行う登録支援機関（登録番号25登-011561）です。
日々の定期面談や支援記録の作成に携わる立場から、出入国在留管理庁の公表資料と法令原文に基づき、更新準備の実務を整理しました。

特定技能の在留期間は何年ごとに更新する？｜1号は最長3年、2号は4区分

1号の在留期間は、2025年9月30日から「3年を超えない範囲」

在留期間は、「出入国管理及び難民認定法施行規則」別表第二で在留資格ごとに定められています。

特定技能1号は、2025年9月30日付の「出入国管理及び難民認定法施行規則及び出入国管理及び難民認定法第七条第一項第二号の基準を定める省令の一部を改正する省令」（令和7年法務省令第47号）による改正で、在留期間の上限が「1年を超えない範囲」から「3年を超えない範囲」に変更されました。

ただし、必ず3年の在留期間が付与されるわけではありません。
法務大臣が個々の外国人について期間を指定し、特定技能1号の通算在留期間は原則5年以内です。
通算期間などによっては、希望する期間が認められない場合があります。

2号は3年・2年・1年・6月の4区分で、通算の上限はありません

特定技能2号の在留期間は、同じ別表第二で「三年、二年、一年又は六月」と定められています。
2号には通算在留期間の上限がありません。

出典: e-Gov法令検索「出入国管理及び難民認定法施行規則」別表第二・第21条の2（令和8年10月1日施行時点、および令和7年法務省令第47号による改正前の版）、出入国在留管理庁「在留資格『特定技能』」「通算在留期間」をもとに作成

家族帯同の可否や対象分野などの違いは特定技能とは｜1号と2号の違い・19分野・受入れ上限の全体像を整理で扱っています。

特定技能1号の通算5年はどう数える？｜含まれる期間・除外される期間・6年の例外

特定技能1号の更新で重要なのが、通算在留期間の上限です。
「出入国管理及び難民認定法施行規則」第21条の2は、

特定技能1号での在留期間が通算5年（相当の理由がある場合は6年）に達した場合、原則として更新を許可する相当の理由がないもの

と定めています。

2025年9月30日の改正で、妊娠・出産・育児など、やむを得ない事情で業務に従事できなかった期間を除く規定と、6年の例外が設けられました。

通算に含まれる期間

• 特定技能1号で在留中の失業期間

• 再入国許可・みなし再入国許可による出国期間

• 在留期間更新・在留資格変更の申請中に認められる特例期間

• 1号への移行準備を目的とする「特定活動」の在留期間

• 過去に別の分野で特定技能1号として在留した期間

通算に含まれない期間

• 法令に基づく産前産後休業・育児休業のうち、対象となる期間

• 一定の要件を満たす病気・けがによる休業期間（原則1年以下、労災による場合は3年以下。連続1か月を超える休業）

• やむを得ない事情で再入国できなかった期間のうち、入管庁の定める要件を満たす期間

通算6年まで認められる例外

特定技能2号への移行に必要な試験等に不合格でも、必要な試験等で合格基準点の8割以上を得点し、再受験の意思があるなど、所定の要件を満たす場合は、通算6年までの在留が認められることがあります。
本人の申立てに加え、受入れ企業にも継続雇用の意思と合格に向けた指導・研修・支援体制が求められます。

人事・総務が準備すること

申請は通算5年の満了前、原則として概ね3か月前から準備します。
休業には参考様式第1－30号、試験の例外には第1－31号など、事情に応じた書類が必要です。
また、1か月以上活動できない事由が生じた場合、受入れ企業は原則14日以内に「受入れ困難に係る届出」を提出します。
休業の発生時点で記録を整理し、期限管理を徹底しましょう。

通算期間は、本人の出入国記録を開示請求して確認できます。
ただし、記録自体に通算期間の算定結果は記載されません。
会社と本人が在留歴を確認し、必要に応じて専門家に相談しながら計算することが大切です。

更新申請はいつ・誰が・どこへ出す？

原則は満了日の3か月前から。オンライン申請は最終日不可

在留期間更新許可申請は、原則として在留期間の満了日の3か月前から満了日までに行います。
申請できるのは外国人本人のほか、要件を満たす申請取次者などです。
提出先は、住居地を管轄する地方出入国在留管理官署です。

注意したいのはオンライン申請です。
出入国在留管理庁の案内では、在留期間の満了日当日はオンライン申請ができず、窓口での申請が必要とされています。
期限直前に慌てないよう、余裕を持って準備しましょう。

申請するのは本人。企業・登録支援機関は取次者として関わる

在留期間更新許可申請の申請人は外国人本人です。
窓口で申請する場合は、本人または申請取次者等が、本人の住居地を管轄する地方出入国在留管理官署に出頭します。
申請取次者には、所定の要件を満たす所属機関の職員や、承認を受けた弁護士・行政書士などが含まれます。

オンライン申請は、外国人本人のほか、要件を満たす所属機関の職員、弁護士・行政書士、登録支援機関の職員などが利用できます。
登録支援機関の職員が申請する場合は、所属機関からの依頼を受け、申請等取次者としての承認など所定の要件を満たす必要があります。

利用には事前登録等が必要です。
申請直前に手続きが滞らないよう、利用資格と登録状況を早めに確認しましょう。

審査にかかる日数｜標準は2週間〜1か月、実測は告知まで41.0日

手続案内が示す更新の標準処理期間は「2週間～1か月」です。

一方、入管庁が毎月公表している「在留審査処理期間」を見ると、実際にかかっている日数はこれより長めです。

出典: 出入国在留管理庁「在留審査処理期間」（令和8年7月許可分。2026年10月2日時点で公表されている最新月）、同「在留期間更新許可申請」

更新の「処分日」は本人が入管局に受け取りに行く日が基準なので、審査そのものは表示より短いこともあります。
それでも計画上は「申請から受け取りまで1か月半前後」を見込んでおくのが現実的です。

満了日の1か月前に申請すると、満了日までに結果が出ない可能性が十分にあります。

満了日までに結果が出ないとき｜特例期間は最長2か月

在留期間の満了日までに更新申請の結果が出なくても、満了前に申請していれば、直ちに不法残留になるわけではありません。

入管法第21条第4項で準用する第20条第6項により、一定の条件のもと、処分がされる時または満了日から2か月を経過する日のいずれか早い時まで、従前の在留資格で引き続き在留し、その活動を続けられます。
これを「特例期間」といいます。

ただし、在留期間が30日以下の場合は対象外です。
特例期間中も特定技能1号としての活動は続けられますが、その期間は通算在留期間に算入されます。
満了日を過ぎてから更新申請をすることはできないため、期限前の申請が重要です。

なお、不許可処分に対する不服申立ての可否は、手続案内の表示だけで「争う手段がない」と判断しないようにしましょう。

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2026年10月1日からの更新手数料｜許可される在留期間に応じた段階制

2026年10月1日、「出入国管理及び難民認定法施行令」第25条第1項の改正が施行され、在留資格の変更・在留期間の更新の手数料が改定されました。

これまでの一律6,000円（オンライン5,500円）から、許可される在留期間の区分ごとの額に変わっています。

区分別の金額表

出典: e-Gov法令検索「出入国管理及び難民認定法施行令」第25条第1項（令和8年政令第268号による改正後・2026年10月1日施行）、出入国在留管理庁「令和８年１０月１日付け在留許可手数料の額の改定等について」（ポスター）、同「オンライン申請における手数料額及び手数料納付方法について」

1号で1年の許可なら窓口33,000円、3年の許可なら「3年以上5年未満」の区分で64,000円です。
オンライン申請は窓口より安く設定されていますが、別途決済手数料（330円または550円）がかかります。

手数料は申請時ではなく、許可が出たときに納める

在留期間更新などの手数料は、原則として申請時ではなく、許可を受けて在留カードなどを受け取る際に納付します。
入管法第67条は、許可に係る記載・交付・証印の際に手数料を納める仕組みを定めています。
金額は許可される在留期間などに応じて決まります。

ただし、適用される手数料体系は申請受付日によって異なり、2026年9月30日までに受け付けた申請は、許可が10月1日以降でも改定前の金額です。

• 窓口申請:
  従来どおり収入印紙で納付します。
  入管庁は、審査結果の通知ハガキに記載された金額分を、規模の大きな郵便局などで事前に購入してから来庁するよう案内しています。
  収入印紙の購入は現金のみです。

• オンライン申請
  2026年10月1日以降に受け付けた申請は、収入印紙を使えず、コンビニ決済または銀行決済となります。
  クレジットカード・QRコード決済は利用できません。
  審査完了メールの後、決済リンク付きメールで金額が案内され、在留カードなどの受領前日までに申請ごとに支払います。

決済案内は「@service-dgft.com」から、決済手続き・完了のメールは「@veritrans.jp」から届きます。

会社で取次申請をする場合は、両方のアドレスを受信できるよう設定し、支払担当者を決めておきましょう。

手数料は会社と本人のどちらが払うのか

入管法第67条第1項は、手数料を納付する主体を「外国人は」と定めています。
出入国在留管理庁の資料でも、在留諸申請の手数料は外国人本人が負担することを原則としています。
一方、会社が負担することを一律に義務づける規定は確認できません。

注意したいのは、1号特定技能外国人の支援費用との違いです。
特定技能基準省令第2条第1項第8号により、義務的支援に要する費用は本人に直接・間接に負担させられません。
在留許可手数料はこの支援費用とは別ですが、任意的支援として会社が負担する計画を立てた場合は、本人に負担させることはできません。

会社負担・本人負担のどちらにするか、任意的支援として会社が負担するかを更新前に整理し、本人に説明しておきましょう。

受入れにかかる費用の全体像は外国人雇用にかかる本当のコスト｜給与以外に必要な費用の全リストと総額で整理しています。

更新の提出書類｜第2表は不要、第1表と第3表でそろえる

初回の申請の書類一式は特定技能の必要書類と申請手続きの流れ｜つまずきやすい7つのポイントで扱っているので、ここでは更新との違いに絞ります。

現行の一覧表（令和8年10月1日改定）は「第1表＋第3表」

入管庁の「特定技能外国人の在留諸申請に係る提出書類一覧・確認表」は、在留期間更新許可申請用の第1表が令和8年10月1日改定版になっています。
入管庁の「特定技能」案内では、1号・2号とも、更新申請では第2表は不要と明記されています。
基本的な組み合わせは次のとおりです。

• 第1表（表紙を含む）: 申請人に関する書類

• 第3表の1～3のいずれか: 分分野に関する書類（全分野用、農業用、漁業用）。ただし、建設分野は第3表の提出が不要です。

第2表は、受入れ企業（特定技能所属機関）に関する書類です。
更新申請では不要ですが、企業側の確認や届出まで不要になるわけではありません。

運用要領では、一定の基準を満たす所属機関について、適格性に関する書類の提出を省略できる場合があります。
省略できる書類や条件は一律ではなく、派遣雇用で派遣認定期間の満了日が在留期間満了日から7か月以内の場合など、例外もあります。

2026年4月から定期届出は年1回となり、必要な添付書類も定期届出の案内に従って確認します。
更新時の第2表が不要という点と、会社側の届出・書類管理は分けて整理しましょう。

定期届出の中身は特定技能の定期届出は年1回になった｜4月〜5月に出す書類と提出手順で詳しく書いています。

第1表で求められる書類｜税・保険関係は省略条件を確認

特定技能1号の在留期間更新では、第1表で申請人に関する書類を確認します。
主な書類は次のとおりです。

• 在留期間更新許可申請書（別記第30号の2様式）と写真

• 特定技能雇用契約書の写し（参考様式第1-5号）、雇用条件書の写し（参考様式第1-6号）、賃金の支払の写し（同別紙）。1年単位の変形労働時間制なら年間カレンダーと協定書の写しも

• 本人の個人住民税の納税証明書・課税証明書、同じ年の給与所得の源泉徴収票の写し

• 国民健康保険・国民年金の被保険者である場合は、保険料の納付を示す書類

• いずれかに滞納がある場合は公的義務履行に関する誓約書（参考様式第1-26号）

税・保険関係の書類は、前回提出したものを一律に再利用できるわけではありません。
最新の提出書類一覧表で、必要な年度や省略条件を確認してください。
雇用契約書・雇用条件書も、現在の契約内容と一致しているか確認し、昇給や手当の変更があれば必要な書類に反映します。

第3表は分野ごと｜工業製品製造業ならJAIMの構成員名簿

第3表は、受入れ分野に応じた書類を提出します。
工業製品製造業では、所属機関と本人の就業場所が確認できるJAIMの構成員名簿を用意します。
介護分野では事業所の概要書や協議会の構成員証明書、建設分野では建設特定技能受入計画の認定証の写しが必要です。

更新前に、会員資格や認定の有効性も確認しましょう。

更新申請の前に、市区町村へ協力確認書を提出しているか

すでに特定技能外国人を受け入れている場合、在留資格変更許可申請または在留期間更新許可申請を行う前に、協力確認書を市区町村へ提出する必要があります。
提出先は、本人が活動する事業所の所在地と住居地の市区町村です。
同一の市区町村であれば1通で足ります。

協力確認書は、同じ事業所で働く他の外国人の申請や、再申請のたびに提出する必要はありません。
ただし、事業所の所在地や本人の住居地、担当者の連絡先など、記載事項に変更があれば、該当する市区町村へ改めて提出します。

在留期間の更新審査で考慮される事項｜企業側の対応も確認

入管法第21条第3項は、更新は「在留期間の更新を適当と認めるに足りる相当の理由があるときに限り」許可できると定めています。

運用要領 第4章第3節は、この判断は法務大臣の裁量で総合的に行われるとし、考慮される事項すべてに該当していても、全ての事情を考慮した結果、許可されないこともあると明記しています。
ここで挙げるのは審査の見込みではなく、運用要領に書かれている要件と考慮事項です。

本人について考慮される4つの事項

在留期間の更新審査では、在留資格該当性と上陸許可基準への適合に加え、次の事項が考慮されます。

1. 入管法に定める届出義務の履行：在留カードの記載事項に関する届出、紛失時の再交付申請、所属機関等に関する届出などを適切に行っていること。

2. 納税義務その他の公的義務の履行：住民税などの税金や、国民健康保険料・国民年金保険料などを納めていること。未納の金額や期間、悪質性などによっては、消極的な要素として評価されます。

3. 素行が不良でないこと：退去強制事由に準ずるような刑事処分を受ける行為などがないこと。

4. これまでの在留活動の状況、在留の必要性等：日本での活動実態や、引き続き在留する必要性などが考慮されます。

特定技能の運用要領では、所属機関にも、支援計画の実施などを通じて、本人に届出義務や公的義務を十分理解させることを求めています。

企業側の不備が本人の更新審査に影響する項目

本人に落ち度がなくても、受入れ企業が特定技能基準省令第2条の基準を満たさない場合、更新審査に影響することがあります。
運用要領に基づき、企業側で確認したい事項を整理します。

出典： 出入国在留管理庁「特定技能外国人の受入れに関する運用要領」（第5章第2節、第7章第7節）、「特定技能所属機関・登録支援機関による届出」

なお、労働関係法令違反がすべて一律に5年間の受入れ停止となるわけではありません。
出入国・労働関係法令に関する不正または著しく不当な行為等が欠格事由に該当する場合、5年間受入れが認められないことがあります。

満了日から逆算した更新スケジュール

在留期間更新許可申請は、原則として在留期間の満了日の3か月前から、満了日までに行います。
入管庁は、在留期間内での許可を希望する場合、満了日の3か月前から45日前までの申請に努めるよう案内しています。

以下の時期の割り振りは、こうした公式案内を踏まえ、企業が書類準備や社内確認を進めるための実務上の目安です。

満了日は在留カードで確認し、許可された在留期間は読取アプリで確かめる

更新管理の出発点は、全員分の在留期間満了日の一覧です。
満了日は在留カードの券面で確認できます。
ただし、2026年6月14日以降に交付された新様式の在留カードと特定在留カードでは、「在留期間」「許可の種類」「許可年月日」「交付年月日」が券面に記載されません。

許可された在留期間などを確認するには、2026年8月19日以降のバージョンの「在留カード等読取アプリケーション」を利用します。
なお、交付年月日は同アプリでは確認できません。

カードの確認方法そのものは在留カードの確認方法と不法就労助長罪｜知らずに雇った企業も罰せられるで解説しています。

4か月前から許可後までにやること

出典： 出入国在留管理庁「在留期間更新許可申請」「在留資格『特定技能』」（更新用提出書類一覧表）を基に、時期の割り振りはG-Star HR Linkの支援実務の目安として作成

4か月前からの準備は、企業側の実務上の目安です。
申請期間や必要書類は、入管庁の公式案内で確認してください。

更新書類は、日々の受入れ・支援記録の積み重ね

更新申請では本人の書類だけでなく、企業側の受入れ基準や支援の実施状況も確認されます。
定期届出の控え、定期面談や支援の記録を日頃から整理しておけば、申請時の確認も進めやすくなります。

届出の書き方は特定技能の定期届出は年1回になった｜4月〜5月に出す書類と提出手順、支援計画の作り方は1号特定技能外国人支援計画の書き方｜様式1-17号の10項目を埋める、支援を自社で行うか委託するかの判断は特定技能の支援は自社と委託のどちらを選ぶか｜要件と工数で判断するで扱っています。

よくある質問（FAQ）

Q1. 更新の結果が出る前に在留期限が過ぎてしまいました。働き続けてよいですか？

A. 在留期間満了日までに更新申請をしていれば、処分が出る時または満了日から2か月が経過する時のいずれか早い時まで、特例期間として従前の在留資格で在留できます。
特定技能1号の活動も継続できます。
ただし、満了日までに申請していなければ、この特例は適用されません。
特例期間も通算在留期間に算入されます。

Q2. Q2. 受入れ企業を変える（転職する）場合も、更新の申請でよいですか？

A. いいえ。特定技能外国人が転職して所属機関を変更する場合は、在留期間が残っていても、在留資格変更許可申請が必要です。
新しい受入れ企業で働くには、変更許可を受けてから就労を開始してください。
退職に伴う届出は外国人材が退職・帰国するときの手続き｜届出が漏れる4箇所を時系列でをご覧ください。

Q3. 通算5年に達したら、どうなりますか？

A. 特定技能1号の通算在留期間が5年に達すると、原則として在留期間の更新は認められません。
施行規則第21条の2により、更新許可に必要な相当の理由がないものとされるためです。
ただし、所定の要件を満たし、6年までの在留が認められる例外もあります。
引き続き働く場合は、特定技能2号など別の在留資格への変更を検討します。
2号への移行要件は特定技能とは｜1号と2号の違い・19分野・受入れ上限の全体像を整理、他の就労資格は就労ビザの種類一覧｜採用企業が押さえる在留資格の全体像と選び分けで整理しています。

Q4. 2026年9月中に申請した更新も、新しい手数料になりますか？

A. なりません。2026年9月30日までに受け付けた申請は、許可が10月1日以降でも改定前の手数料（窓口6,000円、オンライン5,500円）が適用されます。
オンライン申請も収入印紙で納付します。

Q5. 外食業の新規受入れ停止は、すでに働いている人の更新に影響しますか？

A. 在留期間更新は通常どおり審査されます。
入管庁は2026年3月27日付の方針で明記しています。
ただし、更新が自動的に許可されるわけではなく、通常の審査を受けます。
経緯と例外はなぜ外食業の特定技能は新規停止になったのか｜上限枠の仕組みと今後で解説しています。

まとめ

• 在留期間と通算上限
  1号は個別指定で最長3年、2号は3年・2年・1年・6か月。
  1号の通算上限は原則5年で、一定の要件を満たす場合は6年まで認められます。

• 申請時期
  原則、満了日の3か月前から申請可能。
  満了日までに申請すれば特例期間があります。
  処理期間の平均41.0日は許可告知までの実績で、個別の保証ではありません。

• 手数料
  10月1日以降の受付分は許可期間に応じて決まり、窓口は1年33,000円、3年以上5年未満64,000円。
  納付は許可時です。

• 提出書類
  更新申請では第1表と該当する第3表を確認し、第2表は不要です。

• 企業側の不備
  税の未納入、届出不履行、定期届出の未提出、支援の不実施は、所属機関の基準適合性や更新審査に影響する可能性があります。

次に読むべき記事

• 特定技能の定期届出は年1回になった｜4月〜5月に出す書類と提出手順——更新で第2表が不要になった分、会社側の確認はここに寄っています

• 特定技能の必要書類と申請手続きの流れ｜つまずきやすい7つのポイント——認定証明書交付・変更許可の書類一式と処理期間

• 特定技能とは｜1号と2号の違い・19分野・受入れ上限の全体像を整理——通算5年の先にある2号の位置づけ

満了日の4か月前に、1年分の記録を見直す

更新準備でつまずきやすいのは、書類の書き方よりも、必要な記録がそろっていないときです。

本人の納税証明書で会社の住民税の納入漏れに気づく、前回の定期届出の控えが見つからない、定期面談の記録が途中で途切れている。
こうした問題は、満了日が迫ってからでは対応に時間がかかります。

そこで、満了日の4か月前を目安に、対象者の台帳と受入れ・支援記録を一度見直しておくことをおすすめします。
定期届出の提出状況、面談記録、税の納入状況などを早めに確認すれば、不足している資料や対応が必要な事項を把握しやすくなります。

G-Star HR Linkは登録支援機関として、受入れ企業の皆さまと定期面談や支援記録の作成に取り組んでいます。
次回の更新に向けて会社側で確認すべきことや、手数料の負担方法など、申請前の準備についてもご相談いただけます。
記録の見直し段階から、必要な確認事項を整理するお手伝いをします。

なお、本記事は公表資料に基づいて制度を整理したものです。
実際の申請にあたっては、最新の省令・運用要領や出入国在留管理庁の公式情報をご確認ください。